Berdasarkan Keputusan Kepala Badan Pengawas Obat dan Makanan nomor 05018/KBPOM/2001 Tahun 2001 dan beberapa kali mengalami perubahan sampai terakhir dengan Peraturan Badan Pengawas Obat dan Makanan RI nomor 12 Tahun 2018 tanggal 08 Juni 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Lingkungan BPOM yang telah dirubah dalam Peraturan BPOM Nomor 29 tahun 2019, BBPOM di Manado merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) Badan POM yaitu satuan kerja bersifat mandiri yang melaksanakan tugas teknis operasional tertentu dan/atau tugas teknis penunjang tertentu di bidang pengawasan Obat dan Makanan.
Kedudukan BBPOM di Manado berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan, dipimpin oleh seorang Kepala yang secara teknis dibina oleh Deputi dan secara administratif dibina oleh Sekretaris Utama. BBPOM di Manado dikategorikan sebagai Balai Besar POM. Selain mengatur tentang kategori Balai dan struktur organisasi, juga dibentuk Loka POM di Kabupaten Kepulauan Sangihe.
Sebagai pelaksanaan amanah penyederhanaan birokrasi pada akhir tahun 2020 Badan POM telah menjalankannya yang tentunya terjadi perubahan SOTK baru yang dituangkan dalam Peraturan BPOM No.22 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Lingkungan Badan Pengawas Obat dan Makanan. Kemudian diperbaharui Peraturan Badan Pengawas Obat dan Makanan nomor 24 Tahun 2022 tentang Perubahan Kedua Atas Peraturan Badan Pengawas Obat dan Makanan Nomor 22 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Lingkungan Badan Pengawas Obat dan Makanan.
Adapun total catchment area Balai Besar POM di Manado terdiri dari 15 Kabupaten/Kota, dengan rincian 12 kabupaten/kota merupakan catchment area BBPOM di Manado, sedangkan 3 kabupaten /kota merupakan catchment area Loka POM di Kabupaten Kepulauan Sangihe.e
